Kupiškio žydų bendruomenė pradėjo kurtis apie XVII a., remiantis vyskupo Mikolajaus Paco 1682 m. išduotu leidimu statyti sinagogą. 1897 m. Kupiškyje gyveno 2661 žydas, sudarantys 71 procentą visų (3742) miestelio gyventojų. Tarpukariu Kupiškyje veikė trys sinagogos, sudarančios pusiau uždarą siaurą kiemą. Šiuo metu išlikusios dvi sinagogos: Didžioji ir Chasidų, esančios šalia Lauryno Stuokos-Gucevičiaus aikštės. Didžioji sinagoga buvo ne tik maldos, bet ir bendruomenės susirinkimų bei Toros studijų vieta.
Nepaisant visų negandų, žydų sinagoga veikė iki pat tragiškų vokiečių okupacijos
metų. 2004 m. buvusioje sinagogoje atidengta atminimo lenta su 820 žuvusių Kupiškio žydų vardais ir pavardėmis. 2021 m. baigta sinagogos rekonstrukcija, po kurios pastatas įgavo buvusį prieškario architektūrinį tūrį ir formą. Hole atidengtas autentiškas polichrominis dekoras. Nuo 1950 m. sinagogoje veikia Kupiškio viešoji biblioteka, sauganti gausų kraštotyros fondą, rankraščius ir fotografijas. Biblioteka didžiuojasi daugiau kaip 4000 egzempliorių skulptoriaus Juozo Kėdainio asmenine knygų kolekcija. Čia organizuojami susitikimai su rašytojais, knygų pristatymai ir įvairios parodos.