Zubovu pils ir nozīmīgs vēsturisks un arhitektūras piemineklis ar dziļām saknēm Lietuvas Lielkņazistes laikmetā. Šauļu muiža, dibināta 1589. gadā, bija lielākais valsts īpašumā esošais zemes īpašums Lietuvas Lielkņazistē, ko pārvaldīja ievērojamas personas, tostarp Mikalojus Kristupas Radvila Našlaitėlis un Jeronīms Valavičs. Muiža cieta no zviedru iebrukumiem un ugunsgrēkiem, bet gadsimtu gaitā tika vairākkārt atjaunota.
Muižas uzplaukuma laiks saistās ar Antonu Tīzenhauzenu, kurš pārvaldīja muižu no 1765. līdz 1780. gadam, uzsākot nozīmīgu ēku būvniecību, tostarp pils un staļļu celtniecību, kā arī parka un dārza ierīkošanu. Pēc trešās Polijas-Lietuvas kopvalsts dalīšanas Šauļu muiža nonāca Krievijas impērijas īpašumā, un Katrīna II to uzdāvināja savam favorītam Platonam Zubovam.
Zubovu dzimtas valdīšanas laikā 19. gadsimta vidū pils tika pārbūvēta
klasicisma stilā. Tika atjaunotas arī saimniecības ēkas, pielāgojot tās dzīvojamo un sabiedrisko funkciju vajadzībām. Muižas teritorija tika pārveidota par brīvā plānojuma angļu parku, ko rotāja Kastanu aleja un augļu dārzs.
Pēc Zubovu aiziešanas no muižas, ēkas tika pārbūvētas un pielāgotas dažādām funkcijām. 20. gadsimta 20. gados, pēc Pirmā pasaules kara, muiža kļuva par nozīmīgu pilsētas daļu – pilī atradās Šauļu Skolotāju seminārs, vēlāk Pedagoģiskais institūts, bet bijušās staļļu ēkas kļuva par tiesas ēku.
Muižai bija arī nozīmīga loma Lietuvas preses aizlieguma laikā, kalpojot kā vieta, kur slepus tika glabāta un izplatīta lietuviešu prese. Pēc Otrā pasaules kara pilī darbojās dažādas skolas un izglītības iestādes. Mūsdienās Zubovu pilī atrodas Šauļu Universitātes Mākslas fakultāte, bet citas muižas ēkas pilda sabiedriskas funkcijas.