Baznīca ir nozīmīgs Lietuvas koka arhitektūras piemērs, saglabāts kā daļa no Semelišķu pilsētbūvniecības kompleksa. Pirmā baznīca tika uzcelta pēc Aleksandra dibinājuma ap 1501.–1502. gadu ārpus apdzīvotās vietas – pie muižas, taču vairākkārt tika atjaunota pēc ugunsgrēkiem. Pašreizējā baznīca ir viens no labākajiem tradicionālās koka arhitektūras paraugiem, kas saglabājies līdz mūsdienām.
Baznīcas vērtību papildina tās bagātais mākslinieciskais mantojums – gleznas “Vissvētākās Jaunavas Marijas pasludināšana” un “Svētais Roks” (19. gs.), Jēzus Kristus koka skulptūra, rotāts krusts (19. gs.), ērģeļu prospekts,
mazais altāris un divi misiņa zvani. Īpaši nozīmīgs ir zvans baznīcas tornī – otrais vecākais zvans Lietuvā, lietots 1442. gadā.
Svarīga loma baznīcas vēsturē ir saistīta ar Barbarišķu baznīcu. Leģenda vēsta, ka pēc tās ugunsgrēka Svētā Roka glezna tika pārnesta uz Semelišķēm. Gleznu vairākkārt mēģināts atgriezt Barbarišķēs, bet beigās tā palikusi Semelišķēs, simbolizējot vietējās kopienas ticības un vēstures nozīmi.
Semelišķu baznīca ir ne tikai nozīmīga reliģiska vieta, bet arī ievērojams kultūras un vēsturiskais mantojums, ko novērtē gan vietējie iedzīvotāji, gan viesi no citām vietām.