XVI amžiaus pradžioje prie Nemuno, Balbieriškio girioje, buvo pastatytas nedidelis Hanuso Sudarmano dvaras. Iki 1520 metų Balbieriškyje buvo įkurta pirmoji karališkosios fundacijos Šv. Petro katalikų bažnyčia, kuriai pirmuoju klebonu tapo kun. Martynas Abramavičius. Parapijai buvo suteikti 2 valakai ir 9 margai žemės. Tačiau bažnyčios kūrimas buvo sudėtingas, nes kunigaikštis Jaroslavas Holovčinskis, turėjęs valdas šioje teritorijoje, XVII amžiaus pradžioje perduodavo bažnyčią evangelikams reformatams. 1614 metais Holovčinskio pastatyta antroji bažnytėlė liko evangelikams reformatams, o ginčai su katalikais tęsėsi. Po 20 metų Merkinės klebono kun. Petro Rasmusavičiaus vadovaujami katalikai vėl atsiėmė bažnyčią ir kleboniją, ir po 12 metų teismų tapo tikraisiais jos šeimininkais.
1655 metų rugpjūčio 11 dieną, per karą su Maskva, Balbieriškį pasiekė rusų caro Aleksejaus Michailovičiaus kariuomenė, sudeginusi dvarą, bažnyčią, miestelį ir aplinkinius kaimus. Išliko tik tie žmonės, kurie pasislėpė miškuose. Po 19 metų kunigaikštis Jonas Karolis Čartoriskis ir jo žmona Magdalena Kanopacka paskyrė lėšas trečiosios Balbieriškio bažnyčios statybai. 1678 metais buvo pastatyta trečioji bažnyčia, kurioje buvo įrengti penki baroko stiliaus altoriai su ornamentiniais
drožiniais ir Švenčiausiųjų skulptūromis. 1802 metais bažnyčios interjerą papildė didingi vargonai, papuošti Stanislovo ir Liudvikos Tiškevičių herbais. XIX amžiaus antroje pusėje, apie 1870 metus, kun. Baltramiejus Žukauskas aptvėrė bažnyčios šventorių stipria akmenine tvora, kuri išlikusi iki šių dienų.
Trečioji bažnyčia, stovėjusi daugiau nei 200 metų, paseno, prakiuro stogas, ir reikėjo statyti ketvirtąją. Didžioji dalis senosios bažnyčios interjero buvo perkelta į ketvirtąją Švč. Mergelės Marijos Rožancinės titulu konsekruotą medinę bažnyčią, pastatytą 1888 metais pagal Bronislovo Žochovskio projektą. Naujasis pastatas turėjo neogotikinį stilių ir išsaugojo vertingą XVII amžiaus medžio drožybos ir tapybos kūrinių ansamblį.
Ketvirtąją bažnyčią 2013 metų rugpjūčio 8-os naktį sunaikino gaisras. Nuo to laiko šv. Mišios vyko Balbieriškio kultūros ir laisvalaikio centre bei parapijos namų koplytėlėje. Buvo pradėti rinkti lėšos naujos bažnyčios statybai, ir Vilkaviškio vyskupija, kunigai, tikintieji ir kraštiečiai aktyviai prisidėjo prie šio projekto. Fundatorius Arvydas Paukštys padėjo įgyvendinti šį projektą, ir 2018 metų kovo 3 dieną buvo konsekruota naujoji, penktoji Balbieriškio bažnyčia, projektavo architektas Vilius Urbonas.