Šią stačiakampio formos bažnyčią, turinčią klasicizmo architektūros bruožų, su portiku, apside ir bokšteliu pastatė 1821 m. Šalia bažnyčios stovi aukšta, masyvi medinė varpinė.
Dar, kaip Stakiai buvo vadinami Pamituviu, apie 1750 m., buvo pastatyta koplyčia. 1806 m. ji turėjo net du altorius. 1815 m., atsižvelgiant į tikinčiųjų pageidavimus, Veliuonos klebonas prašė vyskupo leidimo pastatyti Stakiuose bažnyčią ir skirti kunigą. 1817 m. buvo pastatyta klebonija, o 1821 m. – bažnyčia.
Iki 1863 m. prie bažnyčios veikė parapijinė mokykla. Stakių klebonas kun. Motiejus Čiuževičius dalyvavo 1863 m. sukilime ir už tai buvo ištremtas 10 metų į Sibirą. 1875 m. Stakių Šv. Antano Paduviečio bažnyčia buvo padidinta. Patriotiškai nusiteikęs buvo ir kunigas Feliksas Sereika. Jis
spaudos draudimo metais pirko draudžiamą lietuvišką spaudą ir ją dalino parapijiečiams. Kunigas skatino išsaugoti lietuvybę, kalbą, papročius, tradicijas.
Svarbu paminėti, kad 1906 m. už lietuvišką veiklą į Stakius buvo atitremtas kunigas Juozas Tumas-Vaižgantas, o klebono A. Gečiaus vadovaujamas raseiniškis Bronikauskas 1909 m. atnaujino bažnyčios vidų.
Klebonas Romualdas Macevičius (1931-1988), Stakiuose kunigavęs 1956-1988 m., suremontavo bažnyčią, įvedė centrinį šildymą, pastatė kleboniją. 1988 m. jis palaidotas bažnyčios šventoriuje.
Nuo seno Stakiai garsėjo Šv. Antano atlaidais, kurie čia vykdavo net kelias dienas, o į Stakius tikintieji keliaudavo ir iš tolimų parapijų.
Šiuo metu nuvykus į šią bažnyčia galima apžiūrėti istoriją menančius arnotus.