Senoji Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia – viena seniausių Lietuvoje ir unikalus gotikos pavyzdys, stovinti ant Nemuno kranto. Ši mažytė bažnytėlė, kurios istorija siekia XIV a., dažnai vadinama bažnyčių motina. Pirmąkart ji buvo paminėta 1562 m. ir nuo tada patyrė daugybę istorinių išbandymų: ji nukentėjo nuo karų, gaisrų, potvynių ir buvo ne kartą remontuojama. Nepaisant to, bažnyčia išliko ir tapo svarbiu Lietuvos kultūrinės ir religinės paveldo objektu. Nuo XX a. pradžios pamaldos nebevyksta, o 1936 m. bažnyčia buvo paversta bažnytinių reikmenų sandėliu.
Legendos teigia, kad bažnyčios statytojas buvo Povilas Sapiega, XVI a. viduryje įsikūręs Zapyškio dvare. Bažnyčia pastatyta pagal gotikos principus, o jos sienos buvo mūrijamos vietos darbininkų,
vadovaujant meistrui, išmanančiam gotikos statybos ypatybes. Unikali ir bažnyčios puošyba: freskos, greičiausiai vaizduojančios Kauną, ir šedevru laikomi vargonai su judančia Dovydo skulptūra. Pasakojama, kad ant Nemuno atplukdytas Šv. Marijos paveikslas, o jo garbei buvo pakabinta elnio galva su ragais. Deja, vargonai ir kitos puošmenos neišliko – Pirmojo pasaulinio karo metu juos išgabeno vokiečių kareiviai.
Nuo 1996 m. bažnyčioje organizuojami kultūriniai renginiai ir Pažaislio muzikos festivalio koncertai. Bažnyčia tapo svarbia kultūrine ir istorine vieta, į kurią atvyksta ne tik tikintieji, bet ir meno bei kultūros mylėtojai. Norint apžiūrėti šį unikalų paveldo objektą, patogiausia atvykti automobiliu, tačiau iki bažnyčios reikės pereiti per pievą.