Veprių dvaras pirmą kartą paminėtas istoriniuose šaltiniuose 1542 m., kai priklausė Kęsgailų giminei. XVI a. pabaigoje – XVII a. viduryje dvarą valdė Šemetos, vėliau – Oginskiai. XVII a. pabaigoje Veprių dvaras kraičio keliu perėjo Tyzenhauzų nuosavybėn. 1808 m. Ignacas Tyzenhauzas pardavė dvarą Juozapui Dominykui Kosakovskiui – vienam iš 1831 m. sukilimo vadų Ukmergės krašte. To paties sukilimo metu dvare glaudėsi Emilija Pliaterytė, garsėjusi savo dalyvavimu kovose.
Vėliau Veprių dvarą paveldėjo Juozapo Kosakovskio duktė Pelagėja, kuri 1833 m. ištekėjo už škotų kilmės tarnautojo
Aleksandro Bower Saint Clair. Šiuo laikotarpiu dvaras ir jo parkas buvo atnaujinti. Po gaisro apie 1883 m. dvarą įsigijo grafas Adomas Alfredas Gustavas Pliateris, tačiau čia negyveno. Tik 1910 m. jo sūnus Marijonas Steponas Vandalinas Broel Pliateris su žmona Liudvika Marija Janina Irena Holynska Vepriuose įkūrė savo pagrindinę rezidenciją.
M. S. V. Broel Pliateris buvo žinomas kaip kultūros veikėjas, archeologas, kolekcininkas ir bibliofilas. Jo iniciatyva pastatyta arba rekonstruota daugelis dvaro pastatų. Po 1924 m., kai dvaras buvo nusavintas valstybės, čia įkurta žemės ūkio mokykla.