Rusnės bažnyčia turi ilgą istoriją, kurios pirmoji rašytinė žinia siekia 1544 metus, kai Prūsijos kunigaikštis Albrechtas rašė apie pamaldas lietuvių ir vokiečių kalbomis. Po Melno taikos šios apylinkės atiteko vokiečių ordinui, o bažnyčios bokšte esanti vėjarodė liudija pirmuosius jos statybos metus – 1419 metus. Pradžioje bažnyčia priklausė katalikų parapijai, tačiau 1541 metais, įsigalėjus reformacijai, visi Rusnės gyventojai buvo priversti pripažinti Liuterio mokymą. 1583 metais prie bažnyčios buvo įkurta parapijos mokykla, laikoma
viena pirmųjų Klaipėdos krašte. Bažnyčia, pastatyta XVIII amžiuje, per savo istoriją patyrė tris didelius gaisrus (1739, 1774, 1789), po kurių buvo pastatyta nauja, mūrinė bažnyčia, pašventinta 1809 metais. Dabartinis mūrinis pastatas buvo pastatytas XIX amžiuje, tačiau sovietmečiu bažnyčia buvo uždaryta, o jos turtas sunaikintas. Pastatas tapo Rusnės pagalbinei internatine mokykla, kur buvo įrengtos sporto salės ir katilinės. 1991 metais buvo pradėti bažnyčios restauravimo darbai, o pamaldos atnaujintos diakono Gintaro Pareigio iniciatyva.