Joniškėlio miestelyje, anksčiau žinotame kaip Janiškiai, jau 1685 metais stovėjo medinė šventovė, kurios steigėja buvo dvarininkė Kotryna Stankevičiūtė-Puzinienė. Ši istorinė vieta, vėliau tapusi senosiomis kapinėmis ir žinomomis kaip „Mūrinės“, 1794 metais patyrė Tadeuszo Kosciuškos sukilimo dalyvių užpuolimą. Nusikaltėliai ne tik apiplėšė kleboniją, bet ir pasisavino liturginius daiktus, o šventovę galbūt padegė, siekdami paslėpti įrodymus arba išsireikšdami konflikto metu. Jau 1788 metais, dėka Joniškėlio dvarininko Benedikto Karpio finansavimo, prasidėjo
naujos mūrinės šventovės statybos miestelio pakraštyje, šalia Mažupės. Statybos užbaigtos 1792 metais, o bažnyčia tapo ankstyvojo klasicizmo architektūros perlais. Jos interjeras pasižymi barokinių ir neobarokinių formų deriniu, vieninga stilistika. Ypač išskirtinas yra didysis altorius ir unikalaus dizaino bokštas, kuris yra neįprastas Lietuvos sakralinei architektūrai. Bažnyčios forma, primenanti karstą, susijusi su legenda apie Benediktą Karpį, kuriam, nusikaltus brolui, esą popiežius nurodė pastatyti šventovę, kasdien primenančią jo padarytą nusikaltimą.