Pirmasis Užpalių cerkvės pastatas, pašventintas 1866 m. Šv. Vladimiro vardu, buvo įsikūręs Mažeikiškių kaime, maždaug 2,5 km nuo Užpalių miestelio. Po E. Sapiegos dvaro konfiskavimo, rusų bendruomenei buvo skirta 42 ha žemės su trimis pastatais, tarp kurių buvo mūrinis ir du mediniai pastatai. Laikina cerkvė buvo įrengta viename iš medinių dvaro sodybos pastatų, kuriam bendruomenė, savo lėšomis, pristatė varpinę.
1872 m., pasinaudojant Vilniaus generalgubernatoriaus Michailo Muravjovo skirtais fondais, Užpalių dvaro teritorijoje buvo pastatyta mūrinė Šv. Nikolajaus cerkvė. Šis architektūrinis statinys buvo svarbus ne tik religinei bendruomenei, bet
ir vietinei kultūrai. Deja, I ir II pasauliniai karai paliko žymę ant cerkvės pastato, jis nukentėjo nuo karo veiksmų.
1948 m. vasarą Užpalių parapija buvo panaikinta, o cerkvė pavirto žirnių sandėliu. Tačiau tikintiesiems buvo suteikta galimybė grįžti į šią šventovę, kai tų pačių metų gruodžio mėnesį cerkvė buvo grąžinta bendruomenei. Ši istorija liudija apie cerkvės svarbą Užpalių bendruomenei ir jos atsparumą pokyčiams, laikui ir iššūkiams.
Apsilankydami Užpalių cerkvėje, lankytojai gali pasinerti į šios vietovės turtingą kultūrinį paveldą ir istoriją, kurioje susipina religija, architektūra ir vietos bendruomenės gyvenimas.