Kėdainių miesto liuteronų bažnyčia buvo pastatyta 1679 m., o parapijiečiai varpinės bokštą užbaigė 1714 m. XIX a. pabaigoje šventoriuje iškilo klasicistinio stiliaus koplyčios ir koplytstulpiai. Ypač puošnios buvo grafų Totlebenų ir gydytojo Merkurijaus Liaunės šeimų kapavietės, o kuklesni koplytstulpiai stovėjo ant kunigų ir parapijiečių kapų.
Ši vienanavė bažnyčia išsiskiria išlikusia autentiška XVII a. sienine tapyba. Bažnyčios freskose pavaizduoti apaštalai Petras ir Povilas bei keturi evangelistai – Jonas, Lukas, Matas ir Morkus. Kadaise šalia bažnyčios buvo kapinės, kuriose ilsėjosi Kėdainių XVII a. gyventojai, tačiau sovietmečiu šios kapinaitės buvo sunaikintos. Įdomus faktas – 1701 m. čia lankėsi ir mišiose dalyvavo Švedijos karalius Karolis
XII.
Bažnyčios istorijoje išliko svarbių asmenų memorialinės lentos, tokių kaip Adomas Freitagas – karo inžinierius ir filosofijos bei medicinos mokslų daktaras, kuris buvo asmeninis Jonušo Radvilos gydytojas. Taip pat yra pagerbti kiti garsūs miesto gyventojai, tokie kaip vaistininkas Jonas Fišeris ir miesto gydytojas Fridrichas Kaneinis.
Pirmojo ir Antrojo pasaulinių karų laikais bažnyčios teritorijoje buvo laidojami vokiečių kariai. Prieš Antrąjį pasaulinį karą čia rinkdavosi vokiečių bendruomenė, tačiau prasidėjus karui, daugelis jų sugrįžo į Vokietiją.
Po karo bažnyčia buvo nacionalizuota ir paversta sandėliu. Tik 1993 m. ji grąžinta liuteronų bendruomenei, ir joje vėl pradėtos laikyti pamaldos, atveriant duris miestiečiams ir lankytojams.