Vana Zapyškise Ristija Johannese kirik on ainulaadne gooti arhitektuuri näide ning üks Leedu vanimaid, asudes Nemunase jõe kaldal. Selle väikese kiriku ajalugu ulatub 14. sajandisse ning seda kutsutakse sageli "kirikute emaks". Esmakordselt mainiti kirikut 1562. aastal ja see on üle elanud sõjad, tulekahjud, üleujutused ning mitmeid remonte. Vaatamata raskustele on kirik säilinud ning saanud oluliseks kultuuri- ja usupärandi objektiks Leedus. 20. sajandi algusest alates jumalateenistusi enam ei peetud ja 1936. aastal muudeti kirik kirikuvarade laoks.
Legendide järgi ehitas kiriku Povilas Sapiega, kes asus 16. sajandi keskel Zapyškise mõisa elama. Kirik ehitati gooti põhimõtete järgi kohalike meistrite
tööga gooti arhitekti juhendamisel. Interjööri kaunistasid freskod, tõenäoliselt kujutades Kaunast, ning kunstipärane orel liikuva kuningas Taaveti skulptuuriga. Samuti räägitakse, et Nemunase jõge mööda toodi kohale Jumalaema maal koos põdrasarvega kui and. Kahjuks hävitati orel ja muud kaunistused Esimese maailmasõja ajal saksa sõdurite poolt.
Alates 1996. aastast on kirikus toimunud kultuuriüritused ja kontserdid Pažaislise muusikafestivali raames. Kirik on muutunud oluliseks kultuuri- ja ajaloomälestiseks, meelitades nii usklikke kui ka kunsti- ja kultuurihuvilisi. Selle ainulaadse paiga külastamiseks on kõige mugavam tulla autoga, kuid kirikusse jõudmiseks tuleb ületada heinamaa.