Muuseumile kuuluvad ka Joniškise sünagoogikompleks, Mato Slančiauskase talumuuseum ja Žagarė harumuuseum. Toimuvad näitused, hariduslikud tegevused ja traditsioonilised sündmused, sealhulgas jõuluturg ja „Käsitööpäev“.
Joniškise muuseum on oluline kultuuri- ja ajaloomälu hoidja, mis viib külastajad põnevale teekonnale läbi piirkonna mineviku. Näitused tutvustavad zemgalide pärandit, Joniškise majandust ja kaubandust, sakraalkunsti ja etnilise kultuuri eripärasid.
Arheoloogianäitus keskendub 13. sajandi Zemgale ajaloole ja materjalsele kultuurile – välja on pandud unikaalsed leiud, täpselt taastatud zemgalide meeste ja naiste riided, sepistatud relvad ja turvised. Muuseumi uhkuseks on ainus Leedus säilinud
sõjaeelse tolliametniku vorm, mis näitab piirkonna aktiivset kaubandust.
Sakraalne pärand paelub liturgiliste rõivaste, Ristitee maalide ja Augustinas Ulčinase ainulaadsete puuskulptuuridega. Etnograafiline väljapanek annab ülevaate piirkonna igapäevaelust alates tööriistadest kuni kunstipäraselt kaunistatud kaasavarakirstudeni.
Muuseum haldab ka Joniškise sünagoogikompleksi, Mato Slančiauskase talumuuseumi, Rudiškiai muuseumi ja Žagarė harumuuseumi, mis asub Tudori stiilis kabelis. Korraldatakse näitusi, konverentse, haridusprogramme ja rahvapidusid, nagu jõuluturg ja käsitööpühad.
Joniškise ajaloo- ja kultuurimuuseum on koht, kus minevik kohtub olevikuga ja kultuuripärand räägib oma elavaid lugusid.