Rusnė kirikul on pikk ajalugu – esimene kirjalik mainimine pärineb aastast 1544, kui Preisimaa hertsog Albrecht mainis jumalateenistusi nii leedu kui ka saksa keeles. Pärast Melno rahulepingut läks piirkond Saksa ordu valdusse, ja kiriku torni tuulelipul on tänini näha ehitusaastat – 1419. Algselt katoliku kirikust sai 1541. aastal reformatsiooni käigus luterlik, kui kõik Rusnė elanikud suunati järgima Lutheri õpetust.
1583. aastal loodi kiriku juurde koguduse kool, mis ir viena esimesi kooliasutusi Klaipėda piirkonnas.
18. sajandil sai kirik kolme tulekahju (1739, 1774 ja 1789) tõttu rängalt kannatada, mis viis uue telliskivikiriku ehitamiseni ja selle pühitsemiseni 1809. aastal. Praegune kirikuhoone pärineb 19. sajandist. Nõukogude perioodil suleti kirik, hävitati sisustus ja hoone muudeti internaatkooliks, kuhu paigutati ka spordisaalid ja katlamaja.
1584. aastal algatati restaureerimine ning diakon Gintaras Pareigise eestvedamisel taastati jumalateenistused. Tänapäeval on see taas oluline sakraal- ja kultuuripärandi objekt.