Muzejam pieder arī Jonišķes sinagogu komplekss, Mato Slaņčauska lauku sētas muzejs un Žagares filiāle. Tiek rīkotas izstādes, izglītojošas aktivitātes un tradicionāli pasākumi, tostarp Ziemassvētku tirdziņš un “Amatu diena”.
Jonišķes vēstures un kultūras muzejs ir svarīgs reģiona kultūras un vēsturiskā mantojuma glabātājs, kas aicina doties aizraujošā ceļojumā pa pagātni. Muzeja ekspozīcijas atklāj zemgaļu mantojumu, Jonišķes reģiona ekonomiku un tirdzniecību, sakrālās mākslas bagātību un etniskās kultūras īpatnības.
Arheoloģijas ekspozīcija īpašu uzmanību pievērš 13. gadsimta Zemgales vēsturei un materiālajam mantojumam. Šeit apskatāmi unikāli atradumi, rekonstruēti zemgaļu vīriešu un sieviešu tērpi, kā arī kalēju meistardarbi – ieroči un bruņas.
Starp retajiem priekšmetiem – vienīgā starpkaru muitas formas tērpa saglabātā versija Lietuvā.
Sakrālā mantojuma ekspozīcija aizrauj ar liturģiskiem tērpiem, Krusta ceļa gleznām un Augustina Ulčina kokgriezumiem. Etnogrāfiskā ekspozīcija ļauj ielūkoties 19.–20. gadsimta ikdienas dzīvē – no sadzīves priekšmetiem līdz mākslinieciski greznotām pūra lādēm.
Muzejs pārvalda arī Jonišķes sinagogu kompleksu, Mato Slaņčauska muzejsētu, Rudišķu muzeju un Žagares filiāli, kas atrodas Tudor stilā celtā kapelā. Notiek izstādes, izglītojoši pasākumi, konferences un tradicionālie svētki, tostarp Ziemassvētku tirdziņš un Amatu diena.
Jonišķes vēstures un kultūras muzejs ir vieta, kur pagātne satiekas ar tagadni un kultūras mantojums dzīvi stāsta savus stāstus.