Rusnes baznīcai ir sena vēsture – pirmais rakstiskais pieminējums datēts ar 1544. gadu, kad Prūsijas hercogs Albrehts pieminēja dievkalpojumus lietuviešu un vācu valodā. Pēc Melno miera līguma šis reģions nonāca Vācu ordeņa kontrolē, un baznīcas torņa vējdēlis joprojām nes uzrakstu ar tās sākotnējās celtniecības gadu – 1419. Sākotnēji katoļu baznīca pārgāja luterismā 1541. gadā Reformācijas laikā, kad visi Rusnes iedzīvotāji tika pārliecināti pieņemt Lutera mācību.
1583. gadā pie baznīcas tika dibināta draudzes skola – viena no pirmajām
Klaipēdas novadā. 18. gadsimta baznīca cieta trīs lielos ugunsgrēkos (1739., 1774. un 1789. gadā), kas noveda pie jaunas ķieģeļu baznīcas celtniecības un tās iesvētīšanas 1809. gadā. Pašreizējā ķieģeļu ēka ir 19. gadsimta celtnes piemērs. Padomju laikā baznīca tika slēgta, tās īpašumi iznīcināti, un ēkā tika iekārtota internātskola ar sporta zāli un katlumāju.
1584. gadā tika uzsākta baznīcas atjaunošana, un dievkalpojumi atsākās, pateicoties diakona Gintara Pareiga darbībai. Šodien tā atkal ir nozīmīga garīgās un kultūras dzīves vieta.