Kēdaiņu luterāņu baznīca tika uzcelta 1679. gadā, bet tās zvanu tornis tika pabeigts 1714. gadā, pateicoties draudzes locekļu pūlēm. 19. gadsimta beigās baznīcas dārzā tika uzceltas klasicisma stilā veidotas kapelas un ceļmalas svētnīcas. Ievērojami ir Totlēbenu dzimtas un ārsta Merkurijaus Liaunė kapi ar grezniem mauzolejiem, savukārt vienkāršākas svētnīcas iezīmēja mācītāju un draudzes locekļu atdusas vietas.
Šī viennavas baznīca izceļas ar saglabātajām autentiskajām 17. gadsimta sienu gleznojumiem. Freskās attēloti apustuļi Pēteris un Pāvils, kā arī četri evaņģēlisti – Jānis, Lūka, Matejs un Marks. Blakus baznīcai reiz atradās kapsēta, kur tika apglabāti 17. gadsimta Kēdaiņu iedzīvotāji, taču padomju laikos tā tika iznīcināta. Interesants vēsturisks fakts – 1701. gadā šo baznīcu apmeklēja
Zviedrijas karalis Kārlis XII un piedalījās dievkalpojumā.
Baznīcas vēsturi papildina piemiņas plāksnes ievērojamām personībām, tostarp Adamam Freitagam – militārajam inženierim un filozofijas un medicīnas doktoram, kurš bija Jonuša Radvilas personīgais ārsts. Baznīcā pieminēti arī citi ievērojami Kēdaiņu iedzīvotāji, piemēram, farmaceits Jonas Fišeris un pilsētas ārsts Frīdrihs Kaneinis.
Abu pasaules karu laikā baznīcas teritorijā tika apbedīti vācu karavīri. Pirms Otrā pasaules kara šeit pulcējās vietējā vācu kopiena, taču daudzi no tās locekļiem kara sākumā devās atpakaļ uz Vāciju.
Pēc kara baznīca tika nacionalizēta un pārvērsta par noliktavu. Tikai 1993. gadā tā tika atdota luterāņu draudzei, un tajā atsākās dievkalpojumi, atverot durvis pilsētas iedzīvotājiem un viesiem.